1964 yılında Ordu’da doğdu. Anadolu Üniversitesi, İktisat Fakültesinden mezun olduktan sonra 1984- 1994 yıllarında Bankacılık sektöründe çeşitli görevlerde bulundu. 1994 Yerel seçimlerinde Eyüp Belediye Başkan yardımcılığı görevinde bulundu. 1994–2004 yılına kadar devam eden on yıllık bu süreçte, Eyüp Sultan için gerçekleştirilen başarılı projelere imza attı. 1994 Yerel seçimlerinde Eyüp ilçesi ve Büyükşehir Meclis Üyesi olan Köken, 1994–1999/1999–2004 yılları arasında iki dönem bu meclislerde Bütçe ve Tarife komisyonlarında üyelik ve başkanlık yaptı. Bu yıllar arasında Eyüp Spor Kulüp Başkanlığı, Eyüp Musiki Vakfı kurucu üyeliği ve Ordulular Birliği Hizmet Vakfı kurucu üyeliği gibi çeşitli sosyal faaliyetler içinde bulundu. 2004 yerel seçimlerinde Kâğıthane ilçesinden 3. dönem tekrar Büyükşehir Belediye Meclis üyesi seçildi. 2004’te Antalya Büyükşehir Belediyesi Genel Sekreter Yardımcısı olarak göreve başladı. Bu dönemde Antalya’yı dünya şehri yapma yolunda çeşitli inşai projelerle birlikte, sosyal belediyecilik kapsamında geliştirdiği; aile, çocuk, yaşlı ve engelli, evde bakım gibi önemli konuları hayata geçirdi. 2009 yerel seçimlerinin ardından Erzurum Büyükşehir Belediyesi Genel Sekreteri olarak atandı. 2011- Dünya Üniversitelerarası kış sporları olimpiyatlarında şehri Üniversiad’a hazırladı. Köken, 2014 yılı itibariyle Gaziantep Büyükşehir Belediyesi Genel Sekreteri olarak görev yaptı. Aynı zamanda Gaziantep Organize Sanayi Bölgesi Başkanlığı’nı ve Gaziantep Basketbol Spor Kulübü Başkanlığı’nı yürüttü. Antalya’da ASMEK, Erzurum’da ESMEK ve Gaziantep’te GASMEK gibi, iş kollarına ara eleman yetiştirme, sosyal ve kültürel faaliyetleri geliştirme konusunda da başarılı çalışmalara imza atmıştır. Büyükşehirlerde yaptığı Belediye Spor Kulüp Başkanlıkları ile de tüm gençlerin spor yapabilmesi için ‘Her evden bir sporcu’ gibi projelere imza attı. Basket, güreş, atletizm gibi branşlarda ulusal ve uluslararası derecelerin kazanılmasında pay sahibi oldu. Deniz Köken, Mart 2019 Yerel Seçimleri için, AK Parti tarafından Eyüpsultan ilçesinden Belediye Başkanı Adayı olarak gösterilmiş ve seçimi kazanmıştır. Halen Eyüpsultan Belediye Başkanı olarak görevini sürdürmektedir.